급여 자료 입력할때 식대가 급여항목이 아닌 공제항목에 있으면 비과세 처리 안돼??

다른 업체들은 식대가 급여쪽에 있고, 근로소득원천징수영수증 비과세 항목 보면 식대 금액 적혀있던데 

몇몇 업체들은 공제 항목에 적혀있고, 영수증에 따로 식대가 안 적혀잇어

건강보험 보수총액신고 해야 하는데 영수증 내 16번 계 금액 적을라고 했는데 업체에서 거기서 식대 금액 따로 빼야 하지 않냐 하는데 어떻게 하지...??

전임자가 작년에 한거 보면 영수증 금액만 그대로 적어뒀어

[익인1]

기본급 200
공제
4대보험 10
식대 -20
총 210
이런식으로 급여가 나갔다는거야??
그럼 이래나 저래나 식대 금액 뺀 총액만 연말정산 신고들어가는거 아니야? 그럼 그냥 총액만 신고하면되잖아
식대를 공제로 빼면서 세금이 아예 부과되지않는거 아닌가?

[익인2]

수당등록에 비과세로 반영 안 돼서 그럼 그거 일단 지금은 수동으로 비과세코드 걸어주고 보수총액할때 금액 구분 안 하면 20만원만큼 보험료 더 정산됨