시즌3부터는 제작진들의 조직적인 조작이 이뤄졌다. 검찰 조사결과 당시 제작진들은 시즌1과 시즌2로 데뷔한 아이돌 그룹들이 큰 성공을 거둬 시즌3로 데뷔할 아이돌 그룹도 그만한 성공을 거둬야 한다는 압박감에 조작을 저지른 것으로 파악됐다. 제작진들은 이같은 압박감에 프로그램이 끝나기 전 미리 데뷔할 연습생 12명을 정해놨다. 이후 제작진들은 순위에 따라 연습생별 총 투표수 대비 득표 비율을 정해놓고 생방송 문자투표가 종료되고 사전 온라인 투표와 문자투표 합계 숫자가 나오면 이 숫자에 미리 정해놓은 연습생별 비율을 곱해 순위별 득표수를 결정하는 식으로 조작을 벌였다. 제작진들이 받는 압박감은 시즌4때 더 심해졌다. 검찰은 제작진들이 시즌3를 통해 데뷔한 아이돌 그룹의 인기나 매출이 시즌1과 시즌2를 통해 데뷔한 아이돌 그룹에 훨씬 미치지 못해 시즌4를 통해 데뷔할 아이돌 그룹에 대한 부담감을 가지고 있었다고 판단했다. 참고로 프듀시즌2 성공으로 해당 피디가 받아간 인센티브는 n0억대

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