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경찰이 쏜 물대포에 맞은 백씨가 사망하자 수사당국이 가장 먼저 취한 조치는 ‘부검을 하겠다’고 요청한 것이었다. 9월25일 백씨의 사망 후 곧장 ‘백씨의 부검’을 포함한 압수수색 영장을 청구했다. 수사당국은 경찰의 물대포를 맞고 숨진 백씨의 부검을 요청하는 이유에 대해 “사인을 규명하기 위해서”라고 밝혔다.
수사당국이 요청한 ‘강제 부검’은 정당성과 필요성이 결여됐다는 비판을 받고 있다. 우선 유족 측은 백씨의 부검을 반대한다는 입장이다. 수사당국은 유족과 협의를 하지 않은 채 ‘부검시도’에 나서고 있다. 박석운 백남기대책위원회 공동대표는 “검찰이 유가족과 부검관련 논의를 협의해 진행하겠다고 하다가 갑자기 부검 영장을 청구했다”고 말했다. 백씨의 장녀인 백도라지씨도 "아버지가 돌아가시기 전부터 경찰이 병원 주변에 왔고, 장례식장으로 시신을 옮길 때도 방해했다“면서 ”이해할 수 없는 행동“이라고 말했다.
거듭되는 부검영장 청구를 두고 수사당국이 백씨의 부검을 원하는 목적이 ‘정확한 사인 규명’과는 동떨어진 것 아니냐는 비판이 나온다. 백씨의 사망사건 규명을 은폐하려는 시도라는 지적까지 나오고 있다. 인의협은 “발병원인이 명백한 환자에게 부검을 운운하는 것은 발병원인을 환자의 기저질환으로 몰아가려는 저의가 있는 것이 아닌가 하는 상식적인 의심을 하게 된다”고 분석했다.