나눠 주기 식의 시상과 일부 연예 기획사 차별적 수상 논란으로 매년 시상식이 개최될 때마다 공정성 논란이 일었다. 2009년, SM 엔터테인먼트 소속 가수들이 후보선정을 문제 삼아 출연을 보이콧을 선언하였다. 하지만 동방신기 멤버 3인(영웅재중, 시아준수, 믹키유천)이 소속사인 SM 엔터테인먼트와 상관없이 독자적으로 연예활동을 할 수 있다는 서울중앙지법의 판결에 따라 SM의 보이콧에 상관없이 시상식에 참석하게 되었다. 그리고 2009 엠넷 아시안 뮤직 어워드에서 보이콧한 SM 엔터테인먼트에게 본상을 슈퍼주니어(모바일 인기상, CGV 인기상, 해외 시청자상 수상)를 제외하고는 수상하지 못하였다.
2009년에 마마가 스엠한테 슈주만 본상이랑 투표로 받는 상만 줬는데
2009년 스엠 활동곡 : 슈주 쏘리쏘리, 소시 gee, 소시 소원을 말해봐, 샤이니 링딩동
